'밀회'가 16회까지의 의미있는 여정을 마쳤다.
마지막 장면은 교도소에서 동료죄수들에게 잘린 머리로 앉아 있는 김희애 모습이었다. 그러나 그녀는 권력의 종속에서 벗어나 내면의 자유를 얻었고 유아인의 사랑이 있었다.
혜원과 인겸(장현성 분)이 함께 손을 잡자, 서회장은 마작모임에서 자신 대신 감옥에 들어갈 새로운 희생양 뽑기 시작했고 이전의 혜원을 연상시키는 임원들은 서로 그 일을 맡겠다고 나서며 충성심을 과시하려 했다. 반면 혜원은 "인겸이 내 돈 다 먹는 꼴 어떻게 보려고?"라는 성숙의 질문에 "걱정 안하셔도 돼요. 아무도 못 먹게 할 거니까요"라고 대답하거나, 힘 싸움해야 하는 건 알지만 방법이 너무 치사하고 끝이 없다며 까칠하게 말하는 선재에게 "끝이 왜 없어? 내기할래?"라고 답해 다른 궁리가 있음을 짐작하게 했다.
선재와 친구들은 학교를 그만두며 굿바이 공연을 학생들 앞에서 선보이고, 혜원은 뒤에서 공연을 지켜보다 돌아선 후 "의사장님 의자가, 저한테는 별로 어울리지 않네요"라고 성숙에게 전화해 자신이 그토록 원하던 자리를 떠날 결심을 굳혔다. 집안 구석구석에 배어 있는 선재와의 추억을 떠올리며 짐을 싼 혜원은 검사를 만나기 전, 선재를 찾아가 감옥에 가겠다는 마음을 밝히고 슬픈 밤을 함께 보냈다.
혜원은 재판정에서 범법 행위를 저지르면서까지 상류층에 오르고 싶었지만, 선재의 진심 어린 정성에 자기 자신마저 성공의 도구로만 여겼음을 깨달았다고 뼈아픈 반성의 말로 최후 진술을 끝냈다. 이윽고 모든 걸 내려놓은 혜원은 선재를 바라보며 미소 짓고 선재의 응원 어린 미소를 받으며 감옥으로 향했다.
얼마 후 선재는 혜원을 면회하며, 자신을 잊어도 된다는 혜원에게 집 비워놓고 어딜 가냐며 일년이 될지 평생이 될지는 모르지만 같이 살아는 보자고 답해 두 연인이 끝나지 않을 것을 암시했다. 극 마지막에서는 선재가 '모짜르트 론도 에이 단조'를 매일 연주하며 혜원을 그리워하고 교도소에서 푸른 하늘, 풀꽃 등을 보며 편안해진 웃음으로 그 연주를 듣는 듯한 혜원의 모습으로 끝났다.
비록 권력의 꼭대기에서 모두를 이겨먹는 여왕에서, 좁은 감방에서 자는 동안 머리를 잘리는 모습으로 급 추락했지만, 모든 걸 내려놓음으로써 편하기 지낼 수 있게 된 혜원과 그러한 혜원을 뒤에서 응원하며 사랑을 보내는 선재라면 몇 년 후 같은 집에서 두 사람이 즐겁게 사는 모습을 그릴 수 있기에 드라마의 마지막은 시청자들에게 행복한 결말을 암시한 것으로 볼 수 있다.
